商品有机肥区别于传统的农家肥。有机肥可分为农家肥和商品有机肥。在我国2002年推出的有机肥标准(NY525-2002中明确有机肥是要来源于植物和(或动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。而这一标准不包括农民自造的农家肥。两种肥料的区别重点在于"腐熟"和"无害"。因此商品有机肥大大改善了农家肥养分含量较低，体积大;劳动率低，劳动强度大;人畜粪等的无害化程度低，病菌传播、污染大等"三低三大"问题。下文中提到的有机肥均为商品有机肥。
有机肥有利于改善土壤肥力。有机肥较之化肥的一个突出的特点就是可以培肥土壤，土壤有机质含量是衡量土壤肥力的一项重要指标，是土壤肥力的物质基础。
土壤有机质直接影响着土壤的保肥性、保水性、缓冲性和通气状况等。目前我国耕地中，80%的面积缺氮，50%缺磷，30%缺钾，有机质不足1%。而各类有机肥资源中通常含有机质60%以上，含氮2.5%，含磷2%以上，不但是良好的肥源，还是良好的土壤改良剂。
有机肥有利于提高产品品质。由于有机肥养分全面，既含有多种无机养分，又含有多种有机养分，还含有大量微生物和酶，保证了果品生长所需养分的全面均衡供给，因而具有改善果品品质，保持其固有营养风味的作用。以氮素营养而言多以NH4+或氨基酸形式供给植物，进入植物细胞后无需消耗大量能量和植物光合作用产物，如糖分和有机酸等，直接参与植物细胞物质的合成，故植物生长快，积累的糖分等物质多，自然农产品质量好，且很少有硝酸盐等有害物质污染。
制约有机肥发展的问题。2007年全国有机肥施用量仅占肥料施用总量的25%，其中，畜禽粪便利用传统堆沤方式约占50%，工厂化利用方式不足1%。制约行业发展的主要原因是：一是企业之间肥源和质量参差不齐，缺乏统一的产品标准，很难直接辨别其优劣;二是企业的设备工艺比较简陋，工业化发展缓慢;三是尽管有机肥有利于土地肥力的增强，但相对化肥而言肥效慢，需随着时间的推移慢慢地体现在地力上。这种短时间内得不到高回报，使得对土地预期不高或依附不强的农民不愿费时费力地去使用有机肥。
有机肥未来发展机遇。随着消费升级、节能降耗、绿色食品需求的提升，有机肥将会迎来较大的发展机遇。主要有以下几个原因：一是化肥价格起伏不定，受煤炭、天然气、磷矿石、钾矿石等资源品的制约越来越大。开发新型化肥，减少能源消耗，是未来肥料发展的方向之一;二是有机肥与化肥混合使用，使得产品品质和质量都有提高，帮助下游企业获得较好的经济效益;三是针对大家普遍关注的食品安全问题，有机肥可以供给一些专门有机质绿色食品的专用基地，生产有机食品。而这一市场，将为有机肥打开较大的需求缺口。